水族箱是鱼类生活的场所，饲养过程中缸内必然会有粪便及残存的鱼饲料，这就会造成水中的有害物质不断增多，破坏水质进而对鱼造成损害。过滤系统可以彻底清理水中的各种有毒物质以保持水质良好。一套完整的过滤系统必须同时具备物理过滤和生化过滤双重功能。

一、物理过滤与生化过滤的关系

这两种过滤方式是一种相辅相成的关系，二者不可缺其一，其比较终的目的都是为了保持水质良好。

物理过滤是滤除水中肉眼可见异物的过程，包括：鱼便、残饵等各种有机物颗粒、以及纤维、尘埃、滤材脱落的粉末等各种颗粒，物理过滤的效果越好过滤后残留的杂质越少，生化过滤的压力就越小。加强造流可以有效提高物理过滤的效率，造流的主要目的是把鱼便、残饵吹到水泵附近被过滤系统抽走，造流可以使用造浪泵、潜水泵、造流蛇管等，如果使用滤桶那么滤桶的出水口也是不错的选择。

生化过滤是通过水循环利用微生物的生化反应来消除水中肉眼看不见的有害物质的过程，生化过滤依靠硝化系统所培养的硝化菌对有毒物质（主要是氨和亚硝酸盐）进行氧化分解并比较终将其转化为毒性很小的硝酸盐的过程（硝酸盐可以通过换水稀释）。

二、生化过滤与硝化系统的关系

硝化系统是以生物滤材做为载体培养硝化细菌的水循环过滤系统，只有具备完善的硝化系统才能保证生化过滤的顺利进行。硝化系统是一个培养硝化菌的平台，各种生物滤材为硝化细菌的生存提供了栖息繁殖的场所，水循环为硝化细菌带来了氧气和食物（氨和亚硝酸盐），硝化系统的比较终目的是清理水中的。硝化系统由水泵、生物滤材和硝化细菌三要素构成。

三、水泵流量与硝化系统的关系

水泵的作用是为过滤系统提供合适的水循环次数，一方面满足物理过滤的需要，更重要的是满足硝化系统的需要，硝化细菌的特殊之处在于必须依附于生物滤材才能生长繁殖和工作，如果没有滤材，漂在水中的硝化菌是不能工作的，所以水族箱中的硝化细菌大部分都集中在生物滤材上，漂在水中的很少。自然界中大多数细菌则不需要。由于水中的有毒物质是在不断产生的，这就需要硝化系统必须要不断的进行分解，因此保证有足够的水流经生物滤材才能使充分发挥硝化细菌的作用，这就需要一个强大的水循环系统。根据以往经验选择流量是水族箱水体总量5—10倍的泵比较合理。